De Stichtse Vrije School is onderdeel van de Stichting Scholengemeenschap Voor Vrijeschoolonderwijs. Bestuurder: de heer Allert de Geus
De Stichtse Vrije School vormt samen met de vrijeschoolbovenbouwen in Nijmegen, het (Karel de Grote College) en Eindhoven, het (Novalis College), de Scholengemeenschap voor Vrije Schoolonderwijs. In de Stichting is ook ondergebracht de Tobiasschool (School voor Speciaal Basisonderwijs) te Zeist.
Tussen de vestigingen wordt op bestuurlijk en organisatorisch niveau intensief samengewerkt. Ook is er regelmatig overleg in het managementteam, waarin de schoolleiders van de drie VO-vestigingen en de Tobiasschool zitting hebben samen met de bestuurder. De scholen worden ondersteund op het gebied van financiën, personeelszaken en ICT door stafmedewerkers vanuit de Stichting. In de dagelijkse praktijk werken de vestigingen autonoom.